5. Többszörös szekvenciaanalízis és fehérje megzenesítés

 1. Mn kataláz enzim többszörös szekvenciaanalízise
Manganese catalase, ferritin-like diiron-binding domain
I. fehérjeszekvenciasorozatok kinyerése
CDD: conserved protein domain database-ben (10 FASTA formátumú szekvencia):

>gi|22218847|pdb|1JKV|A
MFKHTRKLQYNAK-PDRSDPIMARRLQESLGGQWGETTGMMSYLSQGWas-----tgAEKYKDLLLDTGTEEMAHVEMIS
TMIGYLLEdapfgpedlkrdpslattm----agmdpehslvhglnaslnNPNGAAWNAGYVTSSGNLVADMRFNVVRESE
ARLQVSRLYSMTEDEGVRDMLKFLLARETQHQLQFMKAQEELEekygiivpgdmkeiehsefshvlmnfsdgdgskafeg
qvakdgekftyqenpeamggiphikpgdprlhnhqg---------------------------------
>gi|85544434|pdb|2CWL|A
MFLRIDRLQIELPmPKEQDPNAAAAVQALLGGRFGEMSTLMNYMYQSFnfrg--kkaLKPYYDLIANIATEELGHIELVA
ATINSLLAknpgkdleegvdpesaplgf-akdvrnaahfiagganslvmGAMGEHWNGEYVFTSGNLILDLLHNFFLEVA
ARTHKLRVYEMTDNPVAREMIGYLLVRGGVHAAAYGKALESLTgvemtkmlpipkidnskipeakkymdlgfhrnlyrfs
pedyrdlgliwkgaspedgtevvvvdgpptggpvfdaghdaaefapefhpgelyeiakklyekak----
>gi|15613632|ref|NP_241935.1|
MFKRIDKLLIDLPkPDHPDANAAAAVQELLGGRFGEMSTLNNYMYQSFnfrq--khkLRPFYELVASITAEEFGHVELVS
NTINLMIEgttfpgdpditpmqdakd------krntyhfistaqtsypmDSMGASWRGDYVVNSGNLIFDLLHNYFLEIG
ARTHKMRVYEMTDHPVAREMIGYLLVRGGVHIIAYAKALEIATgvdltkmlpvpnlsnrqfdyarkfedqgvhrklytws
dmdyrtisqiwkgehpteggplevvkgtpegapipdleelpeefapgisrddfleiakrlkrnagl---
>gi|21321250|dbj|BAB97198.1|
MYLRIDRLQIQLPaPKEPDPNAAAAVSELLGGRFGEMNTLMTYTYQSFnfrmhknpaIKPFRDLVSNIATEELGHIELVS
AVVNALYVgstkpappdqaplkplkd------vrntyhaintglgafpmDSHGTPWRGDYIFVSGNLVLDFLYNFFLEVG
ARLAKIRVYEMTDNPVAREMIGYLLVRGGVHAMAYGKALEALTgvevwrmlpipkiedskfpeaakymkmgvhrtlyrfs
psdykdiekiwkgahpadgqplqvhdgppeggeylelpevpeefapglykddferiakrlginl-----
>gi|30263079|ref|NP_845456.1|
MFYYKEELINMIK-PDKPDPAAAKVLQEILGGHYGEMRTMMQYFFQSSnfr----gkEKQYRDLLRGVFLEEISHVELVQ
HTINQLLTgsgeptpgnagidtapldea--vkhanphhfivgaqsslpvDAAGNPWNGSWVYSHGNLISDLLDNVVLEST
GVLQKTRIYEMSSNQTFRETLAFLIVRDNAHQNAFAKALETLGvewgklfpvpnydinkypecrkyvdmgfhnaqfnfsl
dptrmgeifkgespsrnkgtltvtdppkgfpvpelpempnehspglkdmdl------------------
>gi|34556035|emb|CAE09059.1|
MFLRIDRLQIELPmPKEQDPNAAAAVQALLGGRFGEMSTLMNYMYQSFnfrg--kkaLKPYYDLIANIATEELGHIELVA
ATINSLLAknpgkdleegvdpastplgf-akdvrnaahfiagganslvmGAVGEHWNGEYVFTSGNLILDLLHNFFLEVA
ARTHKLRVYEMTDNPVAREMIGYLLVRGGVHAAAYGKALESLTgvemtkmlpipkidnskipeakkymdlgfhrnlyrfs
pedyrdlgliwkgaspedgtevvvvdgpptggpvfdaghdaaefapefhpgelygiakklyekak----
>gi|18313524|ref|NP_560191.1|
MYLRIDRLQIELPaPKEPDPNAAAAVQELLGGRFGEMNTLMTYTYQSFnfrlhknpaLKPFRDLVANIATEELGHIELVS
AVVNALYVgatkpgppesaplkplkd------arntyhatmtgltafpfDSHGAPWKGEYIFVSGNLVLDFLYNFFLEVG
ARLVKIRVYEMTDNPVAREMIGYLLVRGGVHALAYGKALEALTgvevwrmlpipnipnskfpeaakyekmgihrtlyrfs
psdykdiekiwrgthpedgqplqvydgpppggeyfelpevpeefapglsaddfrriakrlgiel-----
>gi|157889444|dbj|BAF81110.1|
MFLRIDRLQIELPmPKEQDPNAAAAVQALLGGRFGEMSTLMNYMYQSFnfrg--kkaLKPYYDLIANIATEELGHIELVA
ATINSLLAknpgkdleegadpaatplgf-aknarnaahfiagganslvmGAMGEHWHGEYVFSSGNLILDLLHNFFLEVA
ARTHKLRVYEMTDNPVAREMIGYLLVRGGVHAAAYGKALESLTgvemtkmlpipridnskipeakkymdlgfhrnlyrfs
psdyqdlgliwsgpspedgsevrvvdgppeggpvfdaghdaaefapefhpgelyeiakklyekak----
>gi|163853621|ref|YP_001641664.1|
MFMRVDKLQAELPaPKRKDPNAAAALQELLGGKYGEMSTLGNYMFQSFnfrs--kdkLKPFYSLVSSITAEELGHVELVS
NGVAMLNNgpdndgdetdggdisgapfedmkdirlaaaflsngggsapiNSNGASWNNDFITSSGNVVVDLLHNFHLECG
ARLHKLRVYETLSDPTGREVCGYLLVRGSVHAHAYALALKQITgvdldkflptpninldkipecqkylqegshrrlytws
pndyrdiagiwnssehalpgdppgeleivegmpdggkihqltgipsafapdyapeemfeiaqkltkkar
>gi|222479868|ref|YP_002566105.1|
MFYHDDQLQFEVE-VENPDPHFAKMLQQAIGGAEGEIRVALQYMFQAFavp----aeKQEIRQFLMETATEELGHIEMLA
TAVAKNLEgasedaresaredpiidem---mrtgqprqalsaglhampvDSNGVPFTGNYVVASGNLAADLYANVMAEST
GRVLATRLYEFTDDPGMKEMLEYLIARDTMHQNQWHAALEDLGehrpvpasfdqeqenqeynysfmsttreerddpkqpw
tqgeapdgkgefsytprqpgggapdlkavidemynevq-------------------------------

II.- III. többszörös illesztés és a különböző többszörös szekvencia illesztési módszerekkel kapott eredmények összehasonlítása, annak eldöntése érdekében, h. a különbözö illesztések közül melyik a legjobb:


http://tcoffee.vital-it.ch/

Clustal W2 - itt
SCORE=100

T-Coffee - itt 
SCORE=100

Muscle - itt
SCORE=100

MAFFT - itt
SCORE=100

Mind a négy illesztési módszer egyformán 100-as értéket kapott.




2. Fehérjék “megzenésítése” 

>gi|332004753|gb|AED92136.1| cell division protease ftsH-6 [Arabidopsis thaliana]
MKMASSSSALSFPLSNIPTCSKKSQQFQKPASLSKSSHTHKPSLKTQILHHKFTKRNLLSLTTALGFTSA
LGTVLAHPAKAEPEAPIEATSNRMSYSRFLQHLKENEVKKVDLIENGTVAIVEISNPVVGKIQRVRVNLP
GLPVDLVREMKEKNVDFAAHPMNVNWGAFLLNFLGNLGFPLILLVSLLLTSSSRRNPAGPNLPFGLGRSK
AKFQMEPNTGITFEDVAGVDEAKQDFEEIVEFLKTPEKFSALGAKIPKGVLLTGPPGTGKTLLAKAIAGE
AGVPFFSLSGSEFIEMFVGVGASRARDLFNKAKANSPCIVFIDEIDAVGRMRGTGIGGGNDEREQTLNQI
LTEMDGFAGNTGVIVIAATNRPEILDSALLRPGRFDRQVSVGLPDIRGREEILKVHSRSKKLDKDVSLSV
IAMRTPGFSGADLANLMNEAAILAGRRGKDKITLTEIDDSIDRIVAGMEGTKMIDGKSKAIVAYHEVGHA
ICATLTEGHDPVQKVTLVPRGQARGLTWFLPGEDPTLVSKQQLFARIVGGLGGRAAEDVIFGEPEITTGA
AGDLQQVTEIARQMVTMFGMSEIGPWALTDPAVKQNDVVLRMLARNSMSEKLAEDIDSCVKKIIGDAYEV
AKKHVRNNREAIDKLVDVLLEKETLTGDEFRAILSEYTDQPLNTDGDVRIRINDLISV

Az AtFtsH6 metalloproteázt az Arabidopsis thalinana-ban mutatták ki. A kettes fotokémiai rendszer (LHC II) degradációjáért felelős, igy fontos szerepet játszik ősszel a levelek sárgulásában és lehullásában.

Zelisko A, García-Lorenzo M, Jackowski G, Jansson S, Funk C. (2005) AtFtsH6 is involved in the degradation of the light-harvesting complex II during high-light acclimation and senescence. Proc Natl Acad Sci, 102(38):13699-704