4. MEGABLAST, BLASTP és PSI-BLAST keresés, illetve le nem irt, új gének találása

I. MEGABLAST-os keresés

Globingének ebben a szakaszban	Max. ident értékek
beta-globin	96%
delta-globin	90%
gamma-1 és gamma-2 globin	83%

II. BLASTP vs PSI-BLAST
BLASTP keresés

Nincs mioglobin!


PSI-BLAST keresés
6. iteráció után került a listára mioglobin:

III. PSI-BLAST keresés
Gombák globinjai
Első iteráció 106 szekvencia.
Második iteráció 152 új szekvencia.
Harmadik iteráció  54 új szekvencia.
Negyedik iteráció 106   új szekvencia.
Ötödik iteráció 50 új szekvencia.

Egyéb, globindoménekkel rendelkező fehérjék: hemoglobin, flavohemoglobin, globin

IV. le nem írt, új gének megtalálása BLAST-tal

A kiválaztott fehérje-humán beta-globin:

>gi|455997|gb|AAA16334.1| beta-globin [Homo sapiens]
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG
AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVAN
ALAHKYH

A keresést a növényekre szűkítettem.

>gi|298180592|gb|HO025679.1|HO025679 ocpsga0_0220_E12.ab1 Soybean immature seed full-length-enriched cDNA library Glycine max cDNA, mRNA sequence
GGGGAAAAAGGTTTGTGATCAGAGATTTTTTTTTTGAAAAAAAGATCGAGGAAACCTTAACGTCGTCATC
ATGGTGAAATGGACAGATGCTGAGCGCTGCGCCATCACTACCCTGTGGGGAAAGATTGATGTGGGTGAAA
TTGGACCCCAGGCTCTGGCCAGGCTTCTGATTGTGTACCCGTGGACCCAGAGACACTTCTCCTCATTTGG
AGACCTGTCCACCCCCGCTGCCATCCTCGGAAACGCTAAGGTGGCCGCTCACGGAAAGACAGTGATGGCT
GGGCTGGAAAATGCCGTGAAGAACATGGACGACATCAAGAATGCTTACTCCCTGCTGAGCACGATGCACT
CTGAGAAGCTGCATGTGGATCCCGACAACTTCAGGCTTCTGGCTGAATGCATCAGTGTGTGCGTGGCTGC
CAAGTTTGGACGTCAGACCTTCAACGCTGATGTCCAGGAGGCCTGGCAGAAGTTCCTGGCT
Blastx-el leellenőrizve a legnagyobb egyezés: 87%