BLAST-keresés multidoménes fehérjével

A emberi zsírsav szintáz (fatty acid synthase) enzim nukleotid sorrendje:

>gi|41872631|ref|NP_004095.4| fatty acid synthase [Homo sapiens]
MEEVVIAGMSGKLPESENLQEFWDNLIGGVDMVTDDDRRWKAGLYGLPRRSGKLKDLSRFDASFFGVHPK
QAHTMDPQLRLLLEVTYEAIVDGGINPDSLRGTHTGVWVGVSGSETSEALSRDPETLVGYSMVGCQRAMM
ANRLSFFFDFRGPSIALDTACSSSLMALQNAYQAIHSGQCPAAIVGGINVLLKPNTSVQFLRLGMLSPEG
TCKAFDTAGNGYCRSEGVVAVLLTKKSLARRVYATILNAGTNTDGFKEQGVTFPSGDIQEQLIRSLYQSA
GVAPESFEYIEAHGTGTKVGDPQELNGITRALCATRQEPLLIGSTKSNMGHPEPASGLAALAKVLLSLEH
GLWAPNLHFHSPNPEIPALLDGRLQVVDQPLPVRGGNVGINSFGFGGSNVHIILRPNTQPPPAPAPHATL
PRLLRASGRTPEAVQKLLEQGLRHSQDLAFLSMLNDIAAVPATAMPFRGYAVLGGERGGPEVQQVPAGER
PLWFICSGMGTQWRGMGLSLMRLDRFRDSILRSDEAVKPFGLKVSQLLLSTDESTFDDIVHSFVSLTAIQ
IGLIDLLSCMGLRPDGIVGHSLGEVACGYADGCLSQEEAVLAAYWRGQCIKEAHLPPGAMAAVGLSWEEC
KQRCPPGVVPACHNSKDTVTISGPQAPVFEFVEQLRKEGVFAKEVRTGGMAFHSYFMEAIAPPLLQELKK
VIREPKPRSARWLSTSIPEAQWHSSLARTSSAEYNVNNLVSPVLFQEALWHVPEHAVVLEIAPHALLQAV
LKRGLKPSCTIIPLMKKDHRDNLEFFLAGIGRLHLSGIDANPNALFPPVEFPAPRGTPLISPLIKWDHSL
AWDVPAAEDFPNGSGSPSAAIYNIDTSSESPDHYLVDHTLDGRVLFPATGYLSIVWKTLARALGLGVEQL
PVVFEDVVLHQATILPKTGTVSLEVRLLEASRAFEVSENGNLVVSGKVYQWDDPDPRLFDHPESPTPNPT
EPLFLAQAEVYKELRLRGYDYGPHFQGILEASLEGDSGRLLWKDNWVSFMDTMLQMSILGSAKHGLYLPT
RVTAIHIDPATHRQKLYTLQDKAQVADVVVSRWLRVTVAGGVHISGLHTESAPRRQQEQQVPILEKFCFT
PHTEEGCLSERAALQEELQLCKGLVQALQTKVTQQGLKMVVPGLDGAQIPRDPSQQELPRLLSAACRLQL
NGNLQLELAQVLAQERPKLPEDPLLSGLLDSPALKACLDTAVENMPSLKMKVVEVLAGHGHLYSRIPGLL
SPHPLLQLSYTATDRHPQALEAAQAELQQHDVAQGQWDPADPAPSALGSADLLVCNCAVAALGDPASALS
NMVAALREGGFLLLHTLLRGHPLGDIVAFLTSTEPQYGQGILSQDAWESLFSRVSLRLVGLKKSFYGSTL
FLCRRPTPQDSPIFLPVDDTSFRWVESLKGILADEDSSRPVWLKAINCATSGVVGLVNCLRREPGGNRLR
CVLLSNLSSTSHVPEVDPGSAELQKVLQGDLVMNVYRDGAWGAFRHFLLEEDKPEEPTAHAFVSTLTRGD
LSSIRWVCSSLRHAQPTCPGAQLCTVYYASLNFRDIMLATGKLSPDAIPGKWTSQDSLLGMEFSGRDASG
KRVMGLVPAKGLATSVLLSPDFLWDVPSNWTLEEAASVPVVYSTAYYALVVRGRVRPGETLLIHSGSGGV
GQAAIAIALSLGCRVFTTVGSAEKRAYLQARFPQLDSTSFANSRDTSFEQHVLWHTGGKGVDLVLNSLAE
EKLQASVRCLATHGRFLEIGKFDLSQNHPLGMAIFLKNVTFHGVLLDAFFNESSADWREVWALVQAGIRD
GVVRPLKCTVFHGAQVEDAFRYMAQGKHIGKVVVQVLAEEPEAVLKGAKPKLMSAISKTFCPAHKSYIIA
GGLGGFGLELAQWLIQRGVQKLVLTSRSGIRTGYQAKQVRRWRRQGVQVQVSTSNISSLEGARGLIAEAA
QLGPVGGVFNLAVVLRDGLLENQTPEFFQDVCKPKYSGTLNLDRVTREACPELDYFVVFSSVSCGRGNAG
QSNYGFANSAMERICEKRRHEGLPGLAVQWGAIGDVGILVETMSTNDTIVSGTLPQRMASCLEVLDLFLN
QPHMVLSSFVLAEKAAAYRDRDSQRDLVEAVAHILGIRDLAAVNLDSSLADLGLDSLMSVEVRQTLEREL
NLVLSVREVRQLTLRKLQELSSKADEASELACPTPKEDGLAQQQTQLNLRSLLVNPEGPTLMRLNSVQSS
ERPLFLVHPIEGSTTVFHSLASRLSIPTYGLQCTRAAPLDSIHSLAAYYIDCIRQVQPEGPYRVAGYSYG
ACVAFEMCSQLQAQQSPAPTHNSLFLFDGSPTYVLAYTQSYRAKLTPGCEAEAETEAICFFVQQFTDMEH
NRVLEALLPLKGLEERVAAAVDLIIKSHQGLDRQELSFAARSFYYKLRAAEQYTPKAKYHGNVMLLRAKT

GGAYGEDLGADYNLSQVCDGKVSVHVIEGDHRTLLEGSGLESIISIIHSSLAEPRVSVREG 

Az enzim szekvenciáját vizsgáltam a Blast (Basic Local Alignment Search Tool) program segítségével, a következő kérdésekre keresve a választ:
a. milyen konzerválódott fehérjedoménekkel rendelkezik a zsírsav szintáz? 

Konzerválódott fehérjedomének: PKS, enoyl_red, KR_1_FAS_SDR

b. megismételve a keresést a RefSeq adatbázissal, mely révén kiszűrtem a sok identikus virális szekvenciát; a Taxonomy Reports segítségével meghatároztam, h. milyen fajokban találhatók a zsirsav szintázhoz hasonló szekvenciák:

Közönséges csimpánz (Pan troglodytes)

Rhesus majom (Macaca mulatta)

ló (Equus caballus)

házi egér (Mus musculus)

vándorpatkány (Rattus norvegicus)
tengerimalac (Cavia porcellus)
szarvasmarha (Bos taurus)
óriáspanda (Ailuropoda melanoleuca)
vaddisznó (Sus scrofa)

fehérarcú bóbitás gibbon (Nomascus leucogenys)

c. nézzük meg milyen bakteriális fehérjékkel mutat hasonlóságot a zsirsav szintáz: ismételjük meg a blastp keresést a Bacteria-ra (txid2[Organism]) szűkítve

I. típusú poliketid szintáz (Burkholderia pseudomallei)

I. típusú poliketid szintáz (Burkholderia mallei)

d. melyik két zsírsav szintáz doménnel mutatnak hasonlóságot a talált bakteriális szekvenciaegyezések? Milyen bakteriális enzimekről van szó?

A talált bakteriális szekvenciaegyezések a PKS és enoyl_red doménekkel mutatnak hasonlóságot.

Bakteriális enzimek: poliketid szintázzal és enoyl reduktáz.

e. milyen humán fehérjékkel feltételezhető homológia? (blastp Homo sapiens-re szűkítve). Az egyezések milyen zsírsav szintáz fehérjedoménnél figyelhetők meg? Funkcióját tekintve milyen típusú humán fehérjékről van szó?

A zsírsav szintáz leginkább a humán poliketid szintázzal mutat homológiát.

f. növényeknél találunk a zsírsav szintázzal egyezést, homológ szekvenciákat?

A zsírsav szintázzal homológ szekvenciákat találunk a toklászos kétsoros arpánál (Hordeum vulgare subsp. vulgare), a Medicago truncatula-nál, a kukoricánál (Zea mays), a burgonyánál (Solanum tuberosum).

g. milyen expresszált DNS-szekvenciákkal mutat hasonlóságot a zsírsav szintáz (tblastn-t használjunk és est adatbázist)

A víziló a disznóval vagy a delfinnel van közelebbi rokonsági kapcsolatban?

A víziló hemoglobinjának aminosavszekvenciája

>gi|122613|sp|P19016.1|HBB_HIPAM RecName: Full=Hemoglobin subunit beta; AltName: Full=Beta-globin; AltName: Full=Hemoglobin beta chain
VHLTAEEKDAVLGLWGKVNVQEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSADAVMNNPKVKAHGKKVLDS
FADGLKHLDNLKGTFAALSELHCDQLHVDPENFRLLGNELVVVLARTFGKEFTPELQAAYQKVVAGVANA
LAHRYH

A disznó hemoglobinjának aminosavszekvenciája

>gi|5542423|pdb|1QPW|B Chain B, Crystal Structure Determination Of Porcine Hemoglobin At 1.8a Resolution
VHLSAEEKEAVLGLWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSNADAVMGNPKVKAHGKKVLQS
FSDGLKHLDNLKGTFAKLSELHCDQLHVDPENFRLLGNVIVVVLARRLGHDFNPDVQAAFQKVVAGVANA
LAHKYH

A delfin hemoglobinjának aminosavszekvenciája

>gi|237682815|gb|ACR10449.1| hemoglobin beta5 chain [Delphinus delphis]
MVHLTGEEKSTVTALWGKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTADAVMKNPNVKKHGKKVLA
SFGEGLKHLDDLKGTFAALSELHCDKLRVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKEFTPELQSAYQKVVAGVAT
ALAHKYH

(bálnát nem találtam)

A víziló és a disznó hemoglobin aminosavszekvenciájának összehasonlítása (Local Pairwise Alignment)

>lcl|49421 gi|5542423|pdb|1QPW|B Chain B, Crystal Structure Determination 
Of Porcine Hemoglobin At 1.8a Resolution
Length=146

 Score =  276 bits (929),  Expect = 8e-80, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 127/146 (87%), Positives = 138/146 (95%), Gaps = 0/146 (0%)

Query  1    VHLTAEEKDAVLGLWGKVNVQEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSADAVMNNPKV  60
            VHL+AEEK+AVLGLWGKVNV EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLS+ADAVM NPKV
Sbjct  1    VHLSAEEKEAVLGLWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSNADAVMGNPKV  60

Query  61   KAHGKKVLDSFADGLKHLDNLKGTFAALSELHCDQLHVDPENFRLLGNELVVVLARTFGK  120
            KAHGKKVL SF+DGLKHLDNLKGTFA LSELHCDQLHVDPENFRLLGN +VVVLAR +G 
Sbjct  61   KAHGKKVLQSFSDGLKHLDNLKGTFAKLSELHCDQLHVDPENFRLLGNVIVVVLARRLGH  120

Query  121  EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHRYH  146
            +F P++QAA+QKVVAGVANALAH+YH
Sbjct  121  DFNPDVQAAFQKVVAGVANALAHKYH  146

A víziló és a delfin hemoglobin aminosavszekvenciájának összehasonlítása (Local Pairwise Alignment)

>lcl|61355 gi|237682815|gb|ACR10449.1| hemoglobin beta5 chain [Delphinus 
delphis]
Length=147

 Score =  256 bits (844),  Expect = 9e-74, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 125/146 (86%), Positives = 132/146 (90%), Gaps = 0/146 (0%)

Query  1    VHLTAEEKDAVLGLWGKVNVQEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSADAVMNNPKV  60
            VHLT EEK  V  LWGKVNV+EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLS+ADAVM NP V
Sbjct  2    VHLTGEEKSTVTALWGKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTADAVMKNPNV  61

Query  61   KAHGKKVLDSFADGLKHLDNLKGTFAALSELHCDQLHVDPENFRLLGNELVVVLARTFGK  120
            K HGKKVL SF +GLKHLD+LKGTFAALSELHCD+L VDPENFRLLGN LVVVLAR FGK
Sbjct  62   KKHGKKVLASFGEGLKHLDDLKGTFAALSELHCDKLRVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGK  121

Query  121  EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHRYH  146
            EFTPELQ+AYQKVVAGVA ALAH+YH
Sbjct  122  EFTPELQSAYQKVVAGVATALAHKYH  147

A víziló és a disznó hemoglobin aminosavszekvenciák közti egyezés: 87%
A víziló és a delfin hemoglobin aminosavszekvenciák közti egyezés: 86%
A hemoglobin aminosavszekvenciák összehasonlítása alapján a víziló közelebbi rokonsági kapcsolatban van a disznóval, mint a delfinnel.

Mi a DNS nevem?

Your name in DNA:
TGCAGCGAGCCCAGAGAGGGCATCNNNGCCAACAAGGCCGAGAGCNNNTTCATCGCC

This DNA sequence is similar to the protein called Q04710|XYLS1_PSEPU.

This protein is found in the species Pseudomonas putida.

>Q04710|XYLS1_PSEPU XylDLEGF operon transcriptional activator 1 - Pseudomonas putida

sequence:
MDFRLLNEKSQIFVHAEPYAVSDYVNQYVGTHSIRLPKGGRPAGRLHHRIFGGLDLCRIS
YGGSVRVISPGLETCYHLQIILKGHCLWRDHGQEHYFAPGELLLLNPDDQADLTYSEDCE
KFIVKLPSVVLDRACSENNWHKPREGIRFAARHNLQQLDGFINLLGLVCDEAEHTKSMPR
VQEHYAGIIASKLLEMLGSNVSREIFSKGNPSFERVVQFIEENLKRNISLERLAELAMMS
PRSLYNLFEKHAGTTPKNYIRNRKLESIRACLNDPSANVRSITEIALDYGFLHLGRFAEN
YRSAFGELPSDTLRQCKKEVA

A neanderthali ember és mai ember két mitokondriális fehérje (cytochrome b) aminosavszekvenciájának összhasonlítása

cytochrome b (Homo sapiens neanderthalensis)

>gi|253947344|emb|CAR95852.1| cytochrome b [Homo sapiens neanderthalensis]

MTPMRKINPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDASTAFSSIAHIT

RDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSKTWNIGIILLLATMATAFMGYVLPWGQMSF

WGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFTFHFILPFIIAALAALHLLFLHETGSNNPLG

ITSHSDKITFHPYYTIKDALGLFLFLLSLMTLTLLSPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTI

LRSVPNKLGGVLALLLSILILAMIPILHVSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFIII

GQVASVLYFTTILILMPTISLIENKMLK

cytochrome b (Homo sapiens)

>gi|315114455|gb|ADT80042.1| cytochrome b [Homo sapiens]

MTPMRKTNPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDASTAFSSIAHIT

RDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILLLATMATAFMGYVLPWGQMSF

WGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFTFHFILPFIIAALATLHLLFLHETGSNNPLG

ITSHSDKITFHPYYTIKDALGLLLFLLSLMTLTLFSPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTI

LRSVPNKLGGVLALLLSILILAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFTII

GQVASVLYFTTILILMPTISLIENKMLKWA

Eredmény:

Global Pairwise Aligment

# Aligned_sequences: 2

# 1: CAR95865.1

# 2: ADT80042.1

# Matrix: EBLOSUM62

# Gap_penalty: 10.0

# Extend_penalty: 0.5

#

# Length: 380

# Identity:     372/380 (97.9%)

# Similarity:   373/380 (98.2%)

# Gaps:           2/380 ( 0.5%)

# Score: 1958.0

# 

#

#=======================================

CAR95865.1         1 MTPMRKINPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLF     50

                     ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

ADT80042.1         1 MTPMRKTNPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLF     50

CAR95865.1        51 LAMHYSPDASTAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGR    100

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

ADT80042.1        51 LAMHYSPDASTAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGR    100

CAR95865.1       101 GLYYGSFLYSETWNIGIILLLATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLL    150

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

ADT80042.1       101 GLYYGSFLYSETWNIGIILLLATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLL    150

CAR95865.1       151 SAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFTFHFILPFIIAALAALHLLFL    200

                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||

ADT80042.1       151 SAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFTFHFILPFIIAALATLHLLFL    200

CAR95865.1       201 HETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLFLFLLSLMTLTLLSPDLL    250

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||

ADT80042.1       201 HETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLLLFLLSLMTLTLFSPDLL    250

CAR95865.1       251 GDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI    300

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

ADT80042.1       251 GDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI    300

CAR95865.1       301 LAMIPILHVSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFIII    350

                     ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||

ADT80042.1       301 LAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFTII    350

CAR95865.1       351 GQVASVLYFTTILILMPTISLIENKMLK--    378

                     ||||||||||||||||||||||||||||  

ADT80042.1       351 GQVASVLYFTTILILMPTISLIENKMLKWA    380

A két fehérje között az egyezés: 97.9%

Local Pairwise Alignment

>lcl|12749 gi|315114455|gb|ADT80042.1| cytochrome b [Homo sapiens]

Length=380

 Score =  726 bits (2466),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.

 Identities = 372/378 (98%), Positives = 375/378 (99%), Gaps = 0/378 (0%)

Query  1    MTPMRKINPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDAS  60

            MTPMRK NPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDAS

Sbjct  1    MTPMRKTNPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDAS  60

Query  61   TAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILL  120

            TAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILL

Sbjct  61   TAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILL  120

Query  121  LATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFT  180

            LATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFT

Sbjct  121  LATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFT  180

Query  181  FHFILPFIIAALAALHLLFLHETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLFLFLLSLM  240

            FHFILPFIIAALA LHLLFLHETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGL+LFLLSLM

Sbjct  181  FHFILPFIIAALATLHLLFLHETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLLLFLLSLM  240

Query  241  TLTLLSPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI  300

            TLTL+SPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI

Sbjct  241  TLTLFSPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI  300

Query  301  LAMIPILHVSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFIIIGQVASVLYFT  360

            LAMIPILH+SKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPF IIGQVASVLYFT

Sbjct  301  LAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFTIIGQVASVLYFT  360

Query  361  TILILMPTISLIENKMLK  378

            TILILMPTISLIENKMLK

Sbjct  361  TILILMPTISLIENKMLK  378

A két fehérje között az egyezés: 98%

Human Metabolome Database (HMDB)

A Human Metabolome Database (HMDB, http://www.hmdb.ca/ )  (Humán Metabolom Adatbázis) egy ingyenes, interneten elérhető adatbázis, mely részletes információkat tartalmaz azokról az emberi szervezetben található kis molekulákról (<1500 Da) (pl. aminosavak, monoszacharidok, peptidek, aminok, nukleotidok), melyek az anyagcserében részt vesznek vagy annak folyamán keletkeznek.

A Humán Genom Projektnek köszönhetően a humán genom, transzkriptom és proteom számos adata elérhető lett elektronikus adatbázisokról. Mindez azonban nem volt elmondható a humán metabolomról. A helyzet “orvoslására” indítottak el 2004-ben a Humán Metabolom Projektet, mely révén 2007-ben megjelent az adatbázis kezdetleges verziója. Mindössze két év alatt 2180-ról 6800-ra emelkedett a bevezetett metabolitok száma és azóta is állandóan bővül. 

A HMDB-t David Wishart (Dep. of Computing Science & Biological Science, University of Alberta) hozta létre és tartja fenn. 

Az adatbázist főként azért tervezték, hogy hasznos információval szolgáljon klinikai kémia, metabolomika, biomarker vizsgálatok és általános oktatás területén.

A 2.5 verzió több, mint 7900 metabolitról tartalmaz információkat (1. ábra), a hidrofil és lipofil, gyakori és nagyon ritka molekulákat egyaránt magába foglalja. Megközelítőleg 7200 protein és DNS szekvencia áll a felhasználó rendelkezésére.

1. ábra. A HMDB adatbázisban megtalálható metabolitok statisztikája.


A keresés egyszerű és sokrétű. Browse mezőben rákereshetünk a következőkre:

-metabolitok (2. ábra)

-betegségek kialakulásában résztvevő metabolitok

-különböző metabolikus utakban résztvevő molekulák (teljes metabolikus utak leírása és ábrázolása, 3. ábra)

-biofluid oldatok alkotásában résztvevő metabolitok
Továbbá használhatjuk a HML- (Human Metabolom Library) és az metabolit-osztályok szerinti keresőt is.

2. ábra. A HMDB kereső funkciója.


A megtalált molekuláról a MetaboCard-ra kattintva akár több, mint 110 adat mező tekinthető meg, igy megtudhatjuk pl. számos fizikai és kémiai tulajdonságát, megismerhetjük térbeli struktúráját, milyen betegségek esetében változik a száma, milyen sejtekre/szövetekre jellemző, mely metabolikus utakban vesz részt, stb. Mindemellett az adott molekulával foglalkozó tudományos cikkeket is megtalálhatjuk. 

3. ábra. Az androgén és ösztrogén hormonok metabolizmusa.

A biofluid keresőben lehetőség nyílik arra, hogy a keresett metabolit normál és a normálistól eltérő koncentrációit, illetve ennek okait megtudhassuk (pl. milyen betegségre utal a megváltozott paraméter).
A Search/ChemQuery menüpont alatt a felhasználó rákereshet a molekulákra molekula képlet/tömeg vagy szerkezet alapján is.

Az adatbázis szerkesztői lehetőséget nyújtanak arra, hogy a felhasználó bizonyos adatokat, szekvenciákat, leírásokat letölthessen (Downloads menüpont).
A HMBD adatbázis interaktív és egyszerű kezelése révén felhasználóbarát.


Bibliográfia:

1. Wishart DS, Knox C, Guo AC, et. al. (2009), HMDB: a knowledgebase for the human metabolome. Nucleic Acids Res. 37(Database issue):D603-610.
2. Wishart DS, Tzur D, Knox C, et al. (2007), HMDB: the Human Metabolome Database. Nucleic Acids Res. 35(Database issue):D521-6.

Magyar nyelvű bioinformatikával foglalkozó szakirodalom

Cikkek:
Patthy László, 2002: A genomkorszak bioinformatikája, Magyar Tudomány, 5:575, MTA SZBK Enzimológiai Intézet, Budapest

Linkek:
Bevezetés a bioinformatikába. Speciális kollégium és doktori iskolai kurzus. (ELTE TTK, 2001/2002. tanév I. félév)

Számítógépes szekvencia elemzés. Jegyzet a PTE TTK "Bioinformatika" c. biológia  BSc kuruzhoz. Putnoky Péter - PTE TTK Genetika és molekuláris Biológia Tanszék.


Könyvek:
Szentesi István (2004): Bioinformatika és bioszámítógépek I.-II. Stratégiakutató intézet

Campbell, M. A. és Heyer, J. L. (2004): Genomika, protemika, bioinformatika. Medicina könyvkiadó

Blog:
Az élet kódja

I.

ScienceDaily (Apr. 8, 2010) — Just like members of an orchestra are active at different times although playing the same piece of music, every cell in our body contains the same genetic sequence but expresses this differently to give rise to cells and tissues with specialised properties.